Les débouchés se situent dans les secteurs de l'agronomie, l'agriculture, des productions végétales et plus particulièrement de la création variétale (amélioration génétique des plantes). Ils peuvent concerner plus spécifiquement l'obtention de nouvelles variétés, leur évaluation ou leur diffusion.

La formation prépare les candidats pour des postes de niveau Technicien à Assistant-ingénieur dans la création variétale et la diffusion des variétés sélectionnées, horticoles, de grande culture... dans un laboratoire de biotechnologie végétale, dans un laboratoire de contrôle sanitaire, qualité ou variétal. Les diplômés exercent alors une activité de sélectionneur de nouvelles variétés, de multiplicateur de variétés, de  responsable de secteur dans un laboratoire de culture in vitro ou dans une entreprise de multiplication, d'horticulteur obtenteur multiplicateur... Ils possèdent également les compétences pour mener des analyses génétiques de matériel végétal (analyse de diversité, contrôle variétal, test OGM...), utiliser les marqueurs moléculaires dans le cadre de la sélection assistée par marqueurs, mener des travaux sur la transformation génétique et réaliser des tests phytosanitaires.

Leur activité a lieu au sein d'entreprises privées (entreprises familiales, grands groupes multinationaux), de réseaux professionnels d'évaluation et de conseil ou dans des instituts publiques de recherche.

Le GNIS, Groupement National Interprofessionnel des Semences et des plants, travaille en relation avec les professionnels concernés par cette formation et produit des documents pédagogiques expliquant les activités du sélectionneur qui sont accessibles à l'adresse : http://www.gnis-pedagogie.org/. Vous y trouverez des fiches décrivant les différents métiers et les activités liées à l'amélioration des plantes. Les principales entreprises présentes en France y sont signalées. L'Union Française des semenciers fournit la liste de ses adhérents dont la plupart sont susceptibles de vous accueillir en entreprise. Le site SeedQuest fournit des informations à l'échelle mondiale.