UE

Crédits ECTS

Compétences attendues

Disciplines concernées

Durée totale (en heures)

Modalités de l'enseignement

UE1- Méthodologies de base

7

Bonnes pratiques de laboratoire, fonctionnement et utilisation d'une serre, anglais technique

Biologie de la plante, culture générale, phytopathologie, anglais

65 h

Essentiellement TD et TP en situation

UE2 - Amélioration des plantes

9

Hérédité et manipulation des caractères, schémas d'amélioration génétique, place et utilisation  des principales techniques de l'amélioration génétique

Biologie, génétique, statistiques et analyse de données

115 h

Cours en salle, exercices et travaux pratiques, suivi d'expérimentation

UE3 - Biologie moléculaire végétale

9

Maîtrise des outils de biologie moléculaire

Génétique

115 h

Formation théorique et surtout pratique

UE 4 - Culture in vitro

9

Maîtrise des diverses modalités de culture in vitro

Biologie et physiologie végétales

115 h

Formation théorique et surtout pratique

UE5- Culture d'entreprise

5

Fonctionnement de l'entreprise, démarche qualité

Sciences humaines, économie, droit

40 h

Etudes de cas présentées par des professionnels

UE6 - Projet tuteuré

6

Expérimentation en serre

Biologie

150 h

Etude bibliographique et travail expérimental

UE7 - Mission en milieu professionnel

15

Capacité au travail en entreprise, aptitude au rendu d'un travail à l'écrit et à l'oral

Biologie

Selon statut

Travail en entreprise

 

Organisation générale

L'enseignement est dispensé par des enseignants-chercheurs de l'université et aussi par des personnes des établissements partenaires, notamment pour la partie consacrée à la culture in vitro. La formation comporte aussi bien des cours plus théoriques que des travaux pratiques dans la plupart des UE. Le projet tuteuré est une mise en situation qui permet d'évaluer l'autonomie et la compréhension des étudiants.

Les professionnels complètent cette formation par des conférences illustrant les différents aspects. Les relations avec le monde professionnel sont renforcées par la visite de diverses entreprises (secteur des grandes cultures, des potagères, des ornementales, en entreprises familiales et multinationales). Les étudiants construisent ainsi leur réseau professionnel grâce à ces conférences et visites en entreprises qui font découvrir le métier dans son contexte. Les organismes de recherche (INRA) et les services officiels (évaluation des variétés pour leur inscription au catalogue officiel ou la délivrance d'un titre de propriété, contrôle des semences, contrôle des organismes de quarantaine lors de l'introduction de matériel végétal provenant de l'étranger) font aussi l'objet de visites. Des déplacements de la journée, voire d'une semaine complète sont organisés pour assurer ces relations avec le monde professionnel.

L'évaluation des étudiants porte sur les compétences qu'ils ont acquises aussi bien du point de vue théorique que pratique, avec des rendus aussi bien par voie écrite qu'orale.

La formation est assez intensive et demande un travail personnel important afin d'acquérir les principales compétences requises pour exercer dans les métiers de la recherche liés à l'amélioration des plantes. Cet effort personnel a toutes les chances de se traduire par un emploi, éventuellement dans l'entreprise où a eu lieu le stage. La motivation et l'investissement personnel détermineront le succès professionnel du candidat.

L'entreprise dans laquelle a lieu le stage doit être trouvée par le candidat (des informations sont disponibles sur les sites mentionnés dans la rubrique Débouchés et secteurs d'activités). Aucune liste exhaustive des entreprises susceptibles d'accueillir l'apprenant n'existe. Le choix réalisé par le candidat est fondamental pour lui permettre de mener l'activité professionnelle qu'il souhaite connaître et généralement conserver, et pour envisager un recrutement à la fin de la formation s'il a donné satisfaction.

Contenu détaillé

:  UE1 - Méthodologies de base

Cet enseignement commence par un rappel des éléments essentiels en biologie végétale, physiologie végétale, génétique et statistiques. Les enseignements plus approfondis sur la gestion de cultures y compris leur protection et la phytopathologie, les bases des techniques de laboratoire sont ensuite abordés, l'anglais est intégré dans cette UE. L'objectif de cette UE est d'apporter aux étudiants des connaissances pratiques sur l'utilisation de divers outils destinés à l'élevage de plants (techniques de serres, phytosanitaire), à la réalisation de croisements (biologie de la reproduction, production de descendances par croisements contrôlés), aux pratiques de bases en laboratoire (pipetage, ajustement du pH, bonnes pratiques de laboratoire, techniques de microscopie, analyses cytologiques). L'analyse d'image comme outil d'aide au phénotypage est aussi intégrée dans ces techniques de base. Les étudiants sont fortement invités à évaluer leur niveau d'anglais, dont une maîtrise minimale est indispensable dans ce secteur d'activités, par le test du TOEIC.

:  UE2 - Amélioration des plantes

L'objectif de cette UE est la formation des étudiants aux techniques de l'amélioration génétique. L'enseignement comporte des interventions réalisées par les professionnels afin de présenter des cas concrets divers et d'apporter des éléments économiques et juridiques. Des études de cas dans plusieurs entreprises complètent cette formation.

Cette UE introduit les outils spécifiquement développés ensuite (outils de biologie moléculaire, culture in vitro). Cette UE porte sur l'hérédité des caractères (caractères monogéniques et polygéniques, bases de la génétique quantitative, héritabilité, aptitudes à la combinaison, gain génétique), sur l'évaluation et l'utilisation des ressources génétiques, sur les stratégies d'amélioration génétique (objectifs et schémas de sélection, caractères sélectionnés, place des biotechnologies en création variétale). L'analyse de données destinée à obtenir les paramètres génétiques sur les caractères étudiés est également traitée.

:  UE3 - Biologie moléculaire végétale

Cette UE forme les étudiants aux techniques d'analyse du polymorphisme génétique avec ses diverses applications en amélioration génétique et à l'utilisation de la transformation génétique. Il s'agit d'une UE très orientée vers les techniques, et leur utilisation. Grâce aux travaux pratiques les étudiants doivent maîtriser les diverses techniques couramment utilisées dans les laboratoires. Leur évaluation porte essentiellement sur la technicité qu'ils ont acquise, en partie en contrôle continu, en partie par un examen final.

Des conférences données par les professionnels et la visite de leurs laboratoires complèteront la formation apportée par cette UE.

Cette UE traite de l'organisation du génome et bases génétiques (génomes des plantes supérieures, polyploïdie), de bioinformatique, de transformation génétique (techniques de transformation génétique, utilisation des plantes génétiquement transformées), des mutants (techniques d'obtention, utilisation des mutants), de l'analyse du polymorphisme génétique (principales méthodes de mise en évidence de polymorphisme de l'ADN, marqueurs génétiques), des applications des marqueurs génétiques en création variétale (étude de diversité, caractérisation de matériel génétique, tests pathogènes, tests OGM, construction de carte génétique, localisation de gènes majeurs, sélection assistée par marqueurs).

:  UE4 - Culture in vitro

Cette UE doit permettre aux étudiants d'acquérir une autonomie de décision pour les diverses modalités d'utilisation des cultures in vitro. L'enseignement est essentiellement pratique. Les principes et compétences fondamentales sont apportés par des cours magistraux dont les concepts sont illustrés par les TP. Chaque technique présentée est testée par des exemples en travaux pratiques. La formation va de la préparation des plantes et des explants à l'acclimatation des plants obtenus. Les cultures in vitro sont utilisées pour multiplier végétativement et de façon conforme du matériel sélectionné, mais aussi pour produire du matériel nouveau. Ces deux voies sont abordées au cours de cette UE :

Multiplication conforme in vitro (historique, milieux de culture, travail en condition stérile, analyse des coûts, régulateurs de croissance, mise en culture, microbouturage, multiplication, rhizogenèse, néoformation, régénération sur cals, culture de méristèmes, thermothérapie) ;

Outils de création variétale (aide aux programmes d'hybridation, sauvetage d'embryons immatures, croisements interspécifiques ou intergénériques, production d'haploïdes, embryogenèse somatique, variation somaclonale, mutagenèse, culture de protoplastes, techniques de transformation génétique, fusion de protoplastes).

            :  5 - Culture d'entreprise

Cette UE est assurée essentiellement par des professionnels des entreprises susceptibles d'accueillir les stagiaires. Elle doit leur permettre de comprendre le fonctionnement d'une entreprise, ses règles, ses contraintes afin de faciliter l'insertion des stagiaires dans le monde du travail. L'enseignement de cette UE sera en grande partie sous forme de conférences, complétées par les visites d'entreprises.

Cette UE porte sur la connaissance de l'entreprise et aussi sur les démarches qualités (assurance qualité, traçabilité, cahier de laboratoire), sur la propriété intellectuelle et la confidentialité (protection de l'obtention, contrôles et contrefaçon), et la sécurité et les risques professionnels. L'étudiant est aussi entraîné à des auditions d'embauche. Cette UE prépare l'étudiant au monde professionnel et aux particularités du secteur des semences.

:  UE6 - Projet tuteuré

L'objectif du projet tuteuré est d'entraîner les étudiants à devenir autonomes dans la réalisation d'une mission qui leur est assignée, tout en bénéficiant des conseils d'un tuteur.

Le projet tuteuré est consacré à une expérimentation en serre. Les étudiants mènent en binôme un essai sur une espèce de plantes données et en font ensuite l'analyse génétique aussi complète que possible. Est associé à cette partie expérimentale une étude bibliographique portant sur le thème (type de matériel végétal, méthode d'analyse et espèce) de l'expérimentation en serre.


Le projet tuteuré est conduit à partir du mois d'octobre, puis il conduit à la rédaction d'un mémoire et d'une soutenance orale devant un jury en mai. Diverses plantes sont proposées pour ce projet tuteuré. Il s'agit le plus souvent de matériel végétal avec une structure génétique particulière préparé auparavant (plans de croisements, comparaison de variétés...). Le projet est entièrement conduit à l'université afin que chaque étudiant soit confronté à la conduite d'un essai complet jusqu'à son analyse. Ceci représente le travail de nombreux assistants de sélection qui évaluent et sélectionnent les plants.


Ségrégations observées en génération F2 obtenue par le croisement de deux variétés de petits pois.


Cette UE prépare aussi au comportement professionnel du travail en équipe. L'évaluation de l'UE repose sur le mémoire et la présentation orale.

:  UE7 - Mission en milieu professionnel

Le stage en entreprise a lieu en deux périodes pour les étudiants qui ne sont pas en contrat d'apprentissage ou de professionnalisation. Ce stage obligatoire fait l'objet d'une convention. Les 16 semaines de stage s'étendent du 1er mars au 31 août, à l'exception du mois de mai consacré à l'enseignement. Le sujet du stage est défini avec l'entreprise pour chaque étudiant. Ce stage en entreprise permet d'évaluer les savoirs acquis et la capacité à l'insertion professionnelle.

Les apprenants en contrat d'alternance ont des périodes supplémentaires en entreprise. Leur statut de salarié de l'entreprise dure une année complète. Ils sont en entreprise quand ils ne sont pas en enseignement. Ils ont ainsi des périodes supplémentaires en septembre, novembre, décembre, janvier et août. L'alternant est suivi personnellement par un enseignant de l'équipe pédagogique et par son maître d'apprentissage au sein de l'entreprise. Cet enseignant se rend deux fois dans l'entreprise afin de rencontrer l'apprenant et le maître d'apprentissage en situation et d'analyser la progression de sa mission et de son insertion dans l'entreprise.

Le stage est évalué par le rapport et la soutenance orale devant le jury de la licence en septembre.